位于太平洋西岸，是一个由东北向西南延伸的弧形岛国。西隔东海、黄海、朝鲜海峡、日本海与中国、朝鲜、韩国、俄罗斯相望。陆地面积377880平方公里，包括北海道、本州、四国、九州4个大岛和其它6800多个小岛屿。领海面积310000平方公里。与俄罗斯存在“北方四岛”(俄方名为“南千岛群岛”)领土争端，与韩国存在竹岛(韩方名为“独岛”)领土争端。山地和丘陵占总面积的71%。全国有160多座火山，其中50多座是活火山，为世界上有名的地震区。富士山是全国的最高峰，海拔3776米。温泉遍布全国各地。境内河流流程短，最长的信浓川长约367公里。最大的湖泊是琵琶湖，面积672.8平方公里。由于地处海洋的包围之中，属温带海洋性季风气候，终年温和湿润，冬无严寒，夏无酷暑。夏秋两季多台风，6月份多梅雨。1月平均气温北部-6℃，南部16℃；7月北部17℃，南部28℃。年降水量700—3500毫米，最高达4000毫米以上。