地形崎岖,多火山和地震。中部为中央高地,飞、赤石山脉有多处3000米左右的高峰,山间有一系列盆地群。富士火山带由中部延伸到太平洋中的小笠原、伊豆诸岛。本州北部(东北地区)有3列山脉,南北纵贯,间有盆地与平原。其中奥羽山脉长达450公里;西南部的中国山地与纪伊山脉呈东西走向,山间有众多小盆地。近畿中部地垒山地与盆地相间。较大平原除新潟平原外均集中于太平洋沿岸,以关东平原最大,次为浓尾、大阪平原等。河网稠密。各河中上游多急流瀑布,水力资源丰富。海岸线长约1.2万多公里,约占全国海岸线总长度40%。太平洋沿岸曲折,多海湾与半岛;日本海沿岸较为平直。北部有3列山脉,南北纵贯,间有盆地与平原;西南部的中国山地与纪伊山脉呈东西走向,山间有众多小盆地。平原狭小,较大者为关东、浓尾、大阪平原,均位于太平洋沿岸。河网稠密、短小,较大的有利根川、信浓川、北上川等,富水力资源。森林面积约占总面积60%。