地形崎岖，多火山和地震。中部为中央高地，飞、赤石山脉有多处3000米左右的高峰，山间有一系列盆地群。富士火山带由中部延伸到太平洋中的小笠原、伊豆诸岛。本州北部（东北地区）有3列山脉,南北纵贯，间有盆地与平原。其中奥羽山脉长达450公里;西南部的中国山地与纪伊山脉呈东西走向，山间有众多小盆地。近畿中部地垒山地与盆地相间。较大平原除新潟平原外均集中于太平洋沿岸，以关东平原最大，次为浓尾、大阪平原等。河网稠密。各河中上游多急流瀑布，水力资源丰富。海岸线长约1.2万多公里,约占全国海岸线总长度40％。太平洋沿岸曲折，多海湾与半岛；日本海沿岸较为平直。北部有3列山脉，南北纵贯，间有盆地与平原；西南部的中国山地与纪伊山脉呈东西走向，山间有众多小盆地。平原狭小，较大者为关东、浓尾、大阪平原，均位于太平洋沿岸。河网稠密、短小，较大的有利根川、信浓川、北上川等，富水力资源。森林面积约占总面积60％。