古代是肥前国的一部分，只是是贫穷的海边地方而已。中世纪的松浦地方、五岛列岛和对马是倭寇的一大根据地。1550年葡萄牙船第一次登上了平户，天主教也随之传来。

1570年开港的长崎港成了面向葡萄牙的贸易港口，因此大量的西洋文化流入了长崎。其后，荷兰和中国的商人也来到长崎进行交易。 1641年以后，日本闭国自封，只是允许在长崎和荷兰和中国通商，这样的情况一直持续200多年。对马藩在釜山也设置倭馆进行朝鲜贸易。

在近代的长崎造船业繁荣昌盛，可是1945年美国投下原子弹长崎市区被破坏了。 佐世保港有美海军基地。