熊本县全境山地占3/4以上，东部九州山地最为广阔。东部有阿苏山，北部有筑肥山地，在西北部，从山地流出的白川，绿川及被称为日本三大激流之一的球磨川等河流在有明海沿岸形成了熊本平原和八代平原。从本土向西南突出的宇土半岛的前面有天草诸岛。1966年修建的天草五桥，不但连接了九州本土和天草几个大岛，也为本县增添了一个名胜。