熊本县全县为太平洋侧气候（たいへいようがわきこう），指的是自北海道到九州太平洋侧地区的期间偶特征。亦称太平洋岸式气候（たいへいようがんしききこう）。东日本以南地区受洋流影响，气候温暖，夏季常有台风吹袭。而冬季则较为干燥冷凉。6、7月为梅雨季节，在梅雨季节后期又受西南热潮气流影响，往往连降大雨。

熊本市周边年平均气温16度以上，比较温暖。夏季，35度以上的高温也不足为奇，并且高温常常持续到深夜，而寒冬来临时，最低气温会降至零度以下。降雪积雪少。
阿苏山周边为山地型气候，冬季时阿苏山积雪很多，寒流来时最低可达-20度。夏季最高温30度。全年降雨平均，可到2000ml以上。
天草・葦北地方是海洋性气候，冷热变化不大。年平均气温为17℃，冬季平均最低气温为7～8℃以上，降水量较平均，达1,800mm。