古代

　　熊本县从古代以来就一直是九州岛的行政、文化、交通、经济的据点而发展至今。不仅处在良好的地理位置，还展现着肥后悠久的历史与传统气息，已因是日本屈指可数的文化县而受到世人认可。熊本县还拥有闻名世界的两大旅游胜地阿苏、天草，还有富有自然韵味的风景都吸引着每个人的心神；有保存着相良氏700年风貌的人吉、球磨地区、在绿川流域有散布着被称为石艺术品的石桥、还有芦北地区那令人神往的沈稳而美丽的海滨等，都的确值得一览。

　　熊本县内所到之处都遗留有旧石器时代打制石器的遗址。从这些遗址可以推测出早在3万年以前人们就已经生活于熊本这片土地上。从县内各地发现的历史遗迹来推断，从约1万5千年前开始就有人在这里居住。其后在有明海、不知火海所流经的河川流域、天草岛等县内各地约800个地方发现了公元前7000年左右至公元前200年左右约6000-7000年的绳文时代的遗迹。
　　公元前2-3世纪弥生的农耕文化开始产生，在其遗迹玉名郡天水町发掘出我国最早的铁斧，这说明了从那时起金属器就传入这里了。
　　进入古坟时代，除城南町、宇土半岛分布着古式的古坟群以外，以阿苏谷、菊水町、鹿央町等地为中心的前方后圆的古坟群发展起来了，6-7世纪日本为数不多的装饰古坟文化在菊池川流域繁荣起来了。这个时期，县内出现了火国、阿苏国、天草国等小国，不久被火国（或肥国）、肥后国所统一。大化改新后，根据国郡制，肥后国也置国府，在大宰府的管辖下国司进行政治统治。
　　进入平安时代，肥后国出现14个郡，共有99乡。
　　进入平安中期以后庄园全盛的时代，县内出现了阿苏庄、鹿子木庄、山鹿庄等数十个大庄园，到了平安末期，这些庄园中开始兴起了武士团。不久镰仓幕府完成统一后，武士们被任命为庄园主或保护人，在各庄园势力不断扩大。其中除了阿苏氏、菊池氏等本地豪族以外，人吉的相良氏、玉名的小代氏等成立幕府后，也有一部份是从遥远的其它地方来这里赴任的。
　　南北朝时菊池氏的势力强大起来了，阿苏、名和、相良等诸氏的势力继续维持下来，室町末期菊池氏开始衰弱，这时，丰后的大友氏、肥前的龙寺氏、萨摩的岛津氏的势力增强，肥后成了战国三大名争夺的地区。以后一直到丰臣秀吉平定九州岛为止，这里都是岛津氏的势力。

近代

　　天正15年（1587）、丰臣秀吉任命佐佐成政为肥后国的国主。但是，后来发生了国众起义，佐佐成政倒台。后来，加藤正清控制县北及苇北的9 郡25万石，小西行长控制县南的3郡24万石。
　　球磨一直以来都是相良氏在控制，天草则从天草五人众经过小西、加藤、唐津城主寺泽等几易领主，几经变迁，在明治维新前由天领领主控制。
　　清正的子忠广时，接收了加藤氏被没收的财产的细川忠利，于宽永9年（1632）从小仓进入肥后，成为拥有肥后54万石的领主。细川忠利进行了对政治组织制度进行大的改革等等善政，一直统治到明治维新。其中作为地方行政的主要制度的手永制度值得大书特书。就是在郡和村中间再作出行政区划，编成52手永，各手永的惣庄屋统一控制23-30个村。
　　到了幕府末期，藩的财政产生危机，当政者虽然实行了各种的政治改革和产业振兴的政策，不久幕藩体制崩溃。
　　明治2年（1869），肥后藩主细川韶邦作了版籍奉还后，肥后藩改为熊本藩，藩主被任命为藩知事。明治4年根据废藩置县制度，熊本藩改为熊本县，人吉藩改为人吉县，天草当时编入长崎县。后来，人吉县和南部一起新设立八代县。次年，熊本县改名为白川县，明治6年与八代县合并成为白川县。这时才等一次管辖原肥后国的全部地区。明治9年改名熊本县。同年发生了士族不满政府欧化政策的判乱的神风连事变，熊本成了西南的激战地，这可以说是带着新时代诞生的阵痛的混乱的时代。之后，在县政又产生了保守的学校派（国权党）和改进党的激烈的对立，一直持续到昭和初期的民政党和政友会的时代，当时熊本被称为政争之县。由双方设立的各种教育机构也一直竞争激烈，所以熊本又被称为教育县。其后又几经变革，地
方制度渐渐地向地方自治方向发展。明治22年开始实行市制、町村制，熊本市产生。明治29年进行了郡的合并，根据昭和28年公布的町村合并促进法
，进行了市町村的合并。平成3年2月，饱讬郡的4町并入熊本市，形成了现在11市62町21村共94个行政区的格局。
　　熊本自古以来就是武士、文人所钟爱之地，明治维新时代，熊本涌现出了像横井小楠这样的日本近代思想家。明治维新以后，熊本又成了内乱的舞台，发生了称为西南战争的大战。中世时期有名的剑豪-宫本武藏还选定熊本安度了晚年的最后时光。近代文豪夏目漱石也以熊本的生活经历为素材留下了很多的名著。