是日本几个农业县之一，农业产出额（2001）为全国第五位。熊本县地形丰富多彩，气候温暖，极有利于农业发展，其农业的粗生产额占全国第六位。西瓜，番茄，榻榻米草等作物的生产辆更是居全国之首。其次，渔业方面，也有外海的天草渔场和内海的有明海和八代海两个渔场，鱼种相当丰富。而县内土地的63％均由森林覆盖的熊本县，更是日本有名的林业县。其中以阿苏及人吉球磨地区的森林资源最为丰富。
制造业方面，近代以来熊本县的第一第三产业高速发展，县内有大量本田汽车工厂。現在ハイテク产业的运输机械的企业发展迅速。最近，太阳能电池产业也开始大发展。 2007年，本田
工厂开始生产民用和商用无硅太阳能电池（non-silicon solar cells），设计能力相当于8000家/年。