植物的宝库，大分县气候温暖湿润，降雨量充沛。周防滩、断崖的平浅滩涂一直延伸到海边的丰后水道的里阿斯式海岸，以斜穿过大分县的中央构造线为界线的新旧火山岩和远古时代的堆积岩形成的群山遍布全县。大分县内有九州本土的最高峰（中岳1791米）。经过长年的侵蚀，山峰被削减，溪谷被雕刻，形成了平原、河流、沙丘和湿润的草原，变成了植物生长的园地。草原和岩石裸露的地方有芒草、芦苇、沼茂、伊吹绣线菊等植物群落在此繁荣生长，从低地到山地，繁茂地生长着栎树·橡胶树林、冷杉·铁杉林、山毛榉树林等能代表各种气候的自然树林。大分的野生植物中，蕨类植物330种，种子植物2500种，共计2830种。从分布状况来看，其中在亚洲大陆中广泛分布的芒草和虎仗等日华要素最多，占到40%，日本原生品种龙胆树和蓟树等约占35%。沼茅和三毛榉等北方寒冷地带植物和文殊兰、雀榕等温暖地带植物分别占5%。加上在城市和周边地区生长的西式蒲公英、高个泡立草等外来植物，“富饶之地”的植物种类繁多。
大分特有的植物，筑紫菩提树和高岭兰等大分特有的品种，在这广阔的地球上，唯独生长在大分的土地上。火山山顶的成片生长的九州杜鹃、祖母山顶的岩石上群生的祖母岳紫萼，仅生长于九州的山区。被认为是袭速纪要素的鸡尾兰和黄莲华升麻分布在九州、四国、和纪州的山脉。大约2万年前的冰河时期南下迁移的睡菜和石龙胆等北方寒冷地植物，在火山性高原的湿地上繁荣生长，大陆和日本西南部连接的时候，广泛分布的爱媛水菖蒲和山丹等开始在高原的干燥草原上定居了。另一方面，分布在亚热带和热带的暖地植物，在由于黑潮而变得温暖的丰后水道地域的岛屿和岬角定居。这些植物千万年来正是在这样的自然中繁衍生长。