地下铁东京的地下铁系统由两个不同的事业体经营，其中由日本政府及东京都政府合资成立的“帝都高速度交通营团”所经营的路线原本称为“营团线”，不过随着营团于2004年4月1日公司化，

改名为东京地下铁股份有限公司（東京地下鉄株式会社），所经营的路线也改称为“东京地下铁线”（東京メトロ線；虽然营团线仍然是习惯上常用的旧名）；而由东京都交通局经营的路线则称为“都营线”（都営線）。
各路线都有专属的英文字母代号，主要是与数字组合，作为各路线车站的快速辨识代号（例如东京站西北方地下的大型转乘站—大手町站，是丸之内线与东西线的交会点，它分别为丸之内本线编号第18站，与东西线编号第9站，因此有“M18”与“T09”两个代号）。至于专属路线代表色，则是与车站内的导引指标用色，以及地下铁车厢上的彩色装饰线条配合，方便搭乘民众辨识。

巴士

路线众多而复杂，大多以铁路车站或重要地点为端点站或主要换乘站，主要街道 上也经常可见巴士站牌；都心部的市区巴士以都营路线为主，兼有里程较长路线与短程接驳路线（如涩谷站～六本木新城），以及几条观光巴士路线（如东京、银座～台场）。都心以外的地区巴士多由私铁业者（东武、西武、东急…等）兼营，因此经常以私铁车站作为端点站。另外还有往返于都心部主要饭店、东京机场巴士总站（T-CAT）与成田机场、羽田机场间的“Airport Limousine”（利木津巴士）。在几个大型转运站（东京站、新宿站…等）附近，也有数条长途高速巴士路线，可以搭乘前往本州岛各地。

私铁（私营铁路）

东京都内相对于JR的主要私营铁路公司：
* 西武铁道
* 东武铁道
* 东京急行电铁
* 京滨急行电铁
* 京成电铁
* 京王电铁
* 小田急电铁
其他私营铁路公司：
* 东京临海高速铁道（临海线；りんかい线）
* 首都圈新都市铁道（筑波快线；つくばエクスプレス）

JR（日本铁道）

东京都内的JR路线，除了东海道新干线属于JR东海管辖外，其他皆属于JR东日本管辖。JR线的电车均以不同的车身颜色作出区别，以下是主要JR线的代表色：
* 山手线=黄绿色
* 东海道线=橘黄色
* 京滨东北线=天蓝色
* 中央线=橙色
* 中央·总武缓行线（中央线、总武线相互直通运转慢车）=黄色
* 总武快速线=上乳白下深蓝色
* 埼京线=深绿色
* 京叶线=紫红色、上红下天蓝色
* 武藏野线=橙色加上黑白线
新干线部分，东京站是东海道新干线与东北新干线的端点站，同时也是列车最主要的起迄站；此外也有许多经由这两条新干线而直通其他新干线（九州新干线除外）的列车自此发车。除了东京站外，新干线另外还在东京站以北、以南分别设有上野站、品川站两个车站，以分担东京站的旅运量，并便利乘客搭乘。

航空

位于都心部南边东京湾岸的东京国际机场（羽田机场），过去曾为日本国内航线与国际航线班机共用的起降机场，目前定期航线方面已转为专供国内航线班机起降，维持日本国内航线枢纽的地位；国际航线部分则仅剩包机业务。
至于国际定期航线班机，则已全数移至位于东京都以东的千叶县境内，距离都心部约65公里的成田国际机场（过去亦称为“新东京国际机场”）起降；此外亦有极少数国内航线班机于成田机场起降。成田机场与都心部之间有JR、京成电铁的铁道路线连结，亦有高速巴士往返于两地之间。