截至15日傍晚6点，当地共发生了142次有感余震。据日本气象厅预报，16日晚当地将降大雨，需警惕发生塌方等次生灾害。15日下午4点起的三天内发生震度为6弱以上余震的概率为20%，震度5强以上的概率为40%。

熊本县内一度有超过4万名居民避难，现已减至7000人左右。位于鹿儿岛县萨摩川内市的九州电力川内核电站尚无异常，仍在运行。熊本县益城町仍有8100户家庭停电。地震还造成九州新干线熊本站附近一辆回库列车脱轨，幸车上并无乘客。