地震对九州地区交通网络造成严重影响，目前，灾区多地交通、水、电、气等仍未恢复，九州多条高速及主干道被封，不少道路因山体滑坡和路面开裂无法通行。截至16日17时，熊本县以及受到地震波及的大分和宫崎两县仍有约10.9万户停电，熊本市等地有约10.7万户停气。截至15时，熊本、大分等地42万户停水。部分灾区网络连接困难，手机等难以打通。

日本气象厅提醒，地震灾区将自16日晚间开始降雨，并可能发生强烈余震，建议民众注意山体滑坡、房屋倒塌等次生灾害。熊本和大分两县政府已要求近10万名居民疏散避难。

16日地震发生后，九州岛阿苏火山当地时间早晨8时30分发生小规模喷发，浓烟腾起约100米高。阿苏山位于熊本县东北部，是日本最活跃火山之一，也是游客徒步旅行的圣地。它由5座火山组成，最高的海拔1592米。去年9月，阿苏山的一个火山口突然喷发，喷出的浓烟高达2000米。日本气象厅说，16日早发生小规模喷发的熊本县阿苏火山当天下午仍在活动，但火山观测数据无异常，并确认与地震无关。

另外，地震发生后，日本气象厅一度发布海啸预警，称九州岛西部海域可能出现高达1米的海啸，但这一警报不久后解除。

日本政府官方消息说，16日已调遣1.5万名自卫队员前往灾区救灾，计划17日后增调自卫队人数将达到2.5万名，日本还将从全国抽调警察和消防力量增援灾区。

日本首相安倍晋三原定16日前往九州岛视察救灾工作，但这一行程随后被取消，改为在首都东京召开应灾会议。官方没有解释安倍为什么取消此次行程。